Начал я с проверки хорошим антивирусом (коего кстати у знакомой не было установлено вообще). Чтобы долго не мучиться с установкой, я воспользовался бесплатным сканером DrWeb CureIT! Сначала проверил съёмный диск:

Сканер сразу нашёл BackDoor.IRC.NgrBot.42. Я полез в Интернет и вот что накопал. Это действительно вирус! Он создает ярлыки вместо папок на флешке. Так же может делать с исполняемыми файлами *.exe и архивами. Оригиналы при этом скрываются. По базам лаборатории Касперского он проходит как Worm.Win32.Ngrbot. Распространяется с компьютера на компьютер как раз при попытке открыть ярлык, созданный вместо папки или файла. В общем, пренеприятнейшая бяка.
Я просканировал антивирусом и компьютер, затем USB-диск и полностью вычистил их от заразы. Осталось только вернуть назад папки, которые стали ярлыками. Для этого нам поможет команда:

attrib -h -r -s /s <буква диска>*.*

Букву диска, которая присвоена флешке смотрим открыв список в «Мой компьютер». Например, в моём случае это была буква «H:\» и команда получилась такая:

После этого заходим на неё и видим там свои файлы и папки. Их лучше перенести куда-нибудь, а сам диск отформатировать во избежание возможности того, что вирус там остался!