В этой задаче нам поможет NTP — Network Time Protocol — специальный сетевой протокол,используемый для синхронизации внутренних часов компьютера по сети. Для его работы нам надо установить специальный клиент. Делается это командой:

apt-get install ntp ntpdate

После установки — надо прописать в настройках используемые серверы точного времени. Для этого редактируется файл:
vim /etc/ntp.conf
Вместо имеющихся там адресов НТП-серверов, типа «0.debian.pool.ntp.org», записываем свой список:
server 0.ru.pool.ntp.org iburst dynamic
server 1.ru.pool.ntp.org iburst dynamic
server 2.ru.pool.ntp.org iburst dynamic
server 3.ru.pool.ntp.org iburst dynamic
Это адреса для России. Другие можно посмотреть в списке ntp-серверов здесь.
Проверяем как работает ntp-клиент Linux, для чего в консоли запускаем команду синхронизации:

ntpdate 0.ru.pool.ntp.org

Если всё работает правильно — получим ответ:
1 Jun 10:55:02 ntpdate[10644]: step time server 79.120.77.217 offset -168.310442 sec
Из этого можно увидеть, что системные часы отстают на 168сек. Чтобы это исправить наберите команду:

ntpdate -bs 0.ru.pool.ntp.org

Теперь системные часы в Линукс откорректированы и точны.